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医学工程学院是合肥工业大学整合学校制药工程学科和生物医学工程学科相关资源于2011年3月新组建的，目前，学院设置有生物医学工程和制药工程两个本科专业，并拥有生物化工二级学科硕士学位授权点、制药工程专业硕士学位授权点和制药工程领域硕士学位授权点，以及生物质化学与化工博士学位授权资格。以下是合肥工业大学医学工程学院导师介绍，现汇总如下：
| 李宜明 | 阮班锋 | 肖华 | 许华建 | 张霄翔 |
| 李炳南 | 陶伟 | 徐红梅 | 姚日生 | 朱慧霞 |
| 彭虎 | 王淮 | 徐峻 | 张洪斌 |
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